Este museu mantém exposta uma coleção de mais de 100 corpos que foram sepultados durante a epidemia de cólera que atingiu a região em 1833 e mumificados naturalmente.
Alguns anos depois, as múmias foram descobertas em um cemitério da cidade e desenterradas entre os anos de 1865 e 1958, por conta de uma lei que exigia o pagamento de manutenção desses corpos no cemitério.
Por conta dessa taxa, 90% dos corpos acabaram sendo desenterrados. Desse total, 2% estavam naturalmente mumificados e foram armazenados em um depósito do cemitério.
Os funcionários do cemitério, ao perceberem que as múmias atraíam turistas, começaram a cobrar a entrada e o local se tornou um museu, chamado de El Museo de las Momias, ou o Museu das Múmias.