A ilha é conhecida pela beleza dos recifes de coral que rodeiam a ilha e por suas águas límpidas, que ficaram famosos após a visita do explorador Jacques Cousteau, nos anos de 60.
O Recife Mesoamericano, com 22 quilômetros de extensão, está localizado na costa leste da Península de Yucatán e é um dos melhores lugares para mergulhar no Caribe, por conta de sua visibilidade que chega a 30 metros.
Em Cozumel, são cinco os melhores pontos para explorar o fundo do mar e apreciar a rica fauna marinha. Os mais procurados são o de Palancar e Columbia. Em sua orla estão instaladas diversas empresas especializadas em levar o turista a um desses pontos, com toda a segurança necessária.