Puerto Vallarta está localizada na segunda maior baía do continente americano, a Baía de Banderas, famosa por abrigar uma enorme variedade de vida marinha.
Na Baía de Banderas estão alguns pontos de mergulhos da região, tanto para amadores como para mergulhadores profissionais, assim como nas Ilhas Marietas e no Parque Nacional Marinho Os Arcos.
Os mergulhadores também podem apreciar as espécies marinha nos incríveis cenotes, ou cavernas submarinhas, ou nos recifes de corais, repletos de peixes tropicais, tartarugas, arraias, entre outros.
Para os que apenas querem praticar snorkel, os melhores pontos são as praias em Yelapa, Majahuitas ou Mismaloya ou em Las Caletas.