De modo geral, o país tem um clima desértico, ensolarado e com temperaturas altíssimas, o que significa dias muito quentes e secos, com pouquíssima chuva ao longo do ano.
No verão, entre os meses de junho e agosto, as temperaturas podem chegar ou superar 39° C, em regiões como Luxor e Assuã, que são as mais quentes do Egito. O calor intenso pode tornar passeios ao ar livre bastante cansativos, especialmente durante o meio do dia, embora seja um período com preços mais baixos.
Já no inverno, durante os meses de dezembro a fevereiro, o clima é mais ameno e agradável. As temperaturas durante o dia costumam variar entre 15 °C e 20 °C, enquanto as noites podem ser mais frias, principalmente em áreas mais desérticas. Essa é uma época ideal para visitas a pontos turísticos históricos, como pirâmides e templos, sem o desgaste causado pelo calor extremo, principalmente para visitantes mais sensíveis à altas temperaturas.
A primavera, março a maio, e outono, setembro a novembro, também são boas opções para viajar. Nesses períodos, as temperaturas são moderadas, embora na primavera possa ocorrer o khamsin, um vento quente e seco que pode gerar tempestade de areia.
Outro fator importante é o Ramadã, mês sagrado islâmico, que pode alterar horários de funcionamento de lojas e restaurantes, mas também oferece uma experiência cultural diferenciada.