Construída entre 1657 e 1680, em estilo barroco, a Igreja de La Mercedes guarda um lindo tesouro em sua sacristia. Lá está a ‘La Custódia de La Merced’ (recipiente onde a hóstia fica depositada) em ouro 24 quilates e decorada com 615 pedras preciosas e diamantes, com mais de um metro de altura e 22 quilos. Para completar, é coroada por uma enorme pérola em forma de sino.
Após sofrer alguns danos por conta de um terremoto, em 1650, passou por reformas. Atualmente, guarda uma importante coleção de cadeiras plateresco e lindas pinturas em óleo. Lá estão enterrados os restos mortais de Diego de Almagro, o Velho (1538), um militar espanhol que ajudou a conquistar o Peru, e o Jovem (1542), também militar e que foi decapitado em Cuzco.